L’Aten a pour mission de contribuer à la sauvegarde des espaces et du patrimoine naturels, par la mise en réseau et la professionnalisation des acteurs. Il réunit 19 organismes responsables de la gestion de la nature et de la protection de la biodiversité. L'Aten agit prioritairement en France (métropole et outre-mer). Mais il est aussi amené à intervenir en termes d'expertise, d'échanges et de représentation en Europe (notamment pour la mise en œuvre de Natura 2000) et à l'international.